· 对未经批准擅自开办医疗机构行医的行为进行处罚
· 对医师注册后接受县级以上人民政府卫生行政部门委托的机构或者组织的定期考核暂停执业活动期满，再次考核仍不合格，医疗、预防、保健机构未履行报告职责，导致严重后果的行为进行处罚
· 对医师注册后中止医师执业活动满二年，医疗、预防、保健机构未履行报告职责，导致严重后果的行为进行处罚
· 对医师注册后有国务院卫生行政部门规定不宜从事医疗业务，医疗、预防、保健机构未履行报告职责，导致严重后果的行为进行处罚
· 对单位邀请外国医师来华短期行医，外国医师来华短期行医未经注册，未取得《外国医师短期行医许可证》的行为进行处罚

· 对为未经注册并未取得《外国医师短期行医许可证》外国医师来华短期行医提供场所的行为进行处罚
· 对开展核医学的医疗机构未按照有关标准的规定对接受体内放射性药物诊治的患者进行控制，未能避免其他患者和公众受到超过允许水平的照射的进行处罚
· 对医疗机构安排怀孕的妇女参加应急处理或者有可能造成内照射工作的，或者安排哺乳期的妇女在其哺乳期间接受职业性内照射的进行处罚
· 对会诊邀请超出被邀请医师执业范围的行为进行处罚
· 对省级卫生行政部门规定的其他情形的行为进行处罚

· 对会诊中涉及的治疗、手术等收费标准加收幅度未经由省级价格主管部门会同同级卫生行政部门确定的行为进行处罚
· 对邀请医疗机构支付会诊费用未统一支付给会诊医疗机构的行为进行处罚
· 对会诊医疗机构由于会诊产生的收入是否纳入单位财务部门统一核算的行为进行处罚
· 对医疗机构使用未取得处方权的人员的行为进行处罚
· 对医疗机构使用未取得药学专业技术职务任职资格的人员从事处方调剂工作的行为进行处罚

· 对医师违反本办法其他规定的行为进行处罚
· 对医疗机构聘用未经内地短期行医执业注册的港澳医师从事诊疗活动的行为进行处罚
· 对港澳医师未按照注册的有效期从事诊疗活动的行为进行处罚
· 对台湾医师未取得《台湾医师短期行医执业证书》行医的行为进行处罚
· 对台湾医师取得《台湾医师短期行医执业证书》未按照注册的有效期从事诊疗活动的行为进行处罚